Отдел тайн занимается изучением различных загадок, но практически вся работа Отдела засекречена. Немногие сотрудники Министерства знают, что на самом деле находится в этом Отделе. Волшебников, работающих в Отделе тайн, называют невыразимцами. Друг Артура Уизли, Бродерик Боуд, работает невыразимцем. Августус Руквуд, шпион и Пожиратель смерти, также работал невыразимцем до своего ареста.
Сотрудники Отдела тайн скорее являются учёными, стремящимися постичь источники и законы магии. Очевидно, Отдел работает над разгадкой тайн смерти, времени, мыслей и любви, а также записывает и хранит все когда-либо сделанные пророчества.

Отдел тайн состоит из следующих комнат:

Круглая комната с вращающимися стенами. Как только все двери в ней закрываются, стены начинают вращаться, тем самым сбивая находящихся в ней с пути и заставляя забыть, в какую дверь они вошли. Возможно, эта техника является своеобразной охраной от тех, кому быть здесь не положено. Если вслух произнести место, в которое нужно попасть, откроется соответствующая дверь.

Комната "мозгов". Описывается как длинное прямоугольное помещение, в центре которого расположен аквариум с зелёным раствором и плавающими в нём "мозгами". Во время битвы в Министерстве Рон Уизли дотронулся до одного из таких "мозгов" и получил тяжёлые ранения. Мадам Помфри упомянула о том, что раны, нанесённые мыслями, заживают очень долго.

Комната смерти. Большая прямоугольная, тускло освещённая комната. По кругу комнаты расположены ступеньки, ведущие вниз, образуя подобие ямы. На дне ямы на каменной платформе расположена древняя, покрытая трещинами арка, проём которой закрыт чёрным колышущимся занавесом. Во время битвы в Отделе тайн, упав в проём этой арки, погиб Сириус Блэк. Возможно, за занавесом расположен вход в загробную жизнь, и некоторые могут слышать шёпот, доносящийся из-за занавеса (возможно, те люди, которые видели смерть).

Комната времени. В этой комнате находятся многочисленные часы всевозможных видов, а также маховики времени, позволяющие носителю вернуться назад в прошлое на заданный промежуток времени. Также в комнате находится искрящийся хрустальный сосуд, внутри которого всё постепенно становится моложе и моложе, а затем также возвращается в исходное состояние. Процесс этот идёт бесконечно. По предположению, это само время.

Комната планет. Описана как тёмная комната, в которой парят планеты Солнечной системы. Посетители комнаты также начинают летать в воздухе.

Запертая комната. Это комната в Отделе тайн, которая всегда закрыта, и её нельзя отпереть ни заклятием Алохомора, ни волшебным отпирающим ножом. По словам Альбуса Дамблдора, за этой дверью находится самая загадочная из всех тайн, которые люди пытаются раскрыть. Он говорит об этом так:
В ней [комнате] хранится сила, одновременно более чудесная и более ужасная, чем смерть, чем человеческий разум, чем силы природы. Пожалуй, она ещё и самая загадочная из всех сокровищ, что там хранятся. Именно этой силой ты [Гарри Поттер] обладаешь в достатке, а Волан-де-Морт, наоборот, вовсе её лишён. <…> Имя этой спасительной силы – любовь.

Зал пророчеств. Представляет собой огромное помещение с высоким, как в соборе, потолком, уставленное бесконечными рядами стеллажей, на полках которых хранятся пыльные стеклянные сферы — магические записи пророчеств. Они защищены с помощью магии, поэтому снять пророчество с полки может лишь хранитель Зала пророчеств, либо тот человек, о котором сделано это предсказание. Остальные же могут пострадать от минутного сумасшествия. Если сфера с предсказанием разбивается, заключённое в ней пророчество произносится, после чего она становится бесполезной.